Il nome Ardara, nel Medioevo Ardar, è probabilmente di origine paleosarda o latina "arduum" che significa luogo arduo, erto.

Nel centro abitato e in tutto il territorio comunale vi sono testimonianze archeologiche che indicano frequentazioni dalla preistoria all'epoca romana. Il ritrovamento di alcuni frammenti di ceramica documentano la presenza dell'uomo nel territorio a partire almeno dalla fine del IV millennio a.C. Consistente e diffusa sul territorio è la presenza dell'uomo a partire dall'età del Bronzo, documentata da almeno 27 nuraghi, l'età punica è indiziata esclusivamente finora dalla segnalazione del rinvenimento di monete con "cavallo" presso il nuraghe Scala de Boes. Più consistenti sono i resti di Età romana, recenti scavi archeologici infatti hanno portato alla luce, sull'altipiano di San Pietro, le antiche vestigia di un insediamento romano e molti reperti dell'epoca.

Il periodo di maggior splendore fu quello medioevale. Dal secolo XI e fino al 1272, infatti, Ardara, e la curatoria omonima, fece parte del Giudicato di Torres di cui fu anche capitale. Nel 1107 fu consacrata la basilica di Nostra Signora del Regno che divenne cappella palitina del giudicato, sede vescovile e luogo in cui si incoronavano i sovrani e talvolta si tumulavano le loro spoglie. Le vicende del giudicato si inserirono prepotentemente nella storia della penisola italiana quando l'imperatore Federico II di Svevia, sovrano delle due Sicilie scelse Adelasia, regina di Torres, quale moglie di suo figlio Enzo pur di ottenere per lui il trono logudorese. La corte di Ardara divenne così uno dei più prestigiosi centri d'Europa e punto di attrazione per personaggi letterari e politici del tempo. Nel 1259, con lo smembramento del giudicato, la curatorìa passò dapprima ai Doria e poi sotto il giudicato d'Arborea.